HMM Seed Alignment: TIGR04236

Download Alignment

>gi|23238154|ref|NP_694470.1|/2-968
PNKRSNKGKASKDVKVTSSDTKTINGGSLNDEKANSILDEAFNS-------RQVNDSGDRLITS--SSKIVNNVLPGPET
FAEIRDSKKDGTVVRGENQAILIDVNNDVSGATAEAFSKSTTQPLAAANTRELLEQSRLAASEGLRKVIPTKELLVAAYL
GPDADRYDADLDALSAALI-VGQDEVRKIRSENLEIRKIGIGSPNLEVITSNKGRTAKCAIIRENVGFMKIKTGINKNIQ
CRKLAKALLDRYGLTSPFVIDISNMVET-VVYD-NSSYSTAGYDYKQIVEALNATRRFRGMPELQPRELTEIRSDLLVTD
GPDRTSISTLYDGTIKAQIIKAAAYEWEQDIISLPEYIRRIKLSIPEGYRIKEYSPKEMRYGKVYYRFRQASLRMLLDML
GDECSDFFIKRLYLDIKHKLPATASSTTSVVAAIAPDVRVSSTTTSLANSFLSALKLTDIENVRALSILCAVFKNLQIEI
NFTKRSGNAGIMDMIAATFALLFFPDHSISDALYLSILKVIASFLGKRAIQDYRDYNSVQMRDELIGLNWPFINRCTPEQ
LELEGSPFFSNGEIGRYDIPLNINS-RGKHVLGDISRELRAMSRERWRDNNSS-VGLLVSSVLKFAISACYDLFDTHIDV
VAHIRAMVPNEVAEMLDHTRGTYQIEPSSLVSYIMHIGKWEITDTFVDEIDVMAEKRLSEYHQLALDISEAINITRTIIS
ETKPTNARRLAYTNAVVRYVDHMWGKESADGKQGISSTLGLLLGAAAGADLKSGYKRFLNDLCTRNDATPADEPLYRIME
SVTKIVESNLSAFGITEEILICPKRHRIETDARFNGIFRQSPFVATMPV-----EYRRVHYTDLLKMGALEAAKVISVGV
IVYGVPFNYEYRIHSGDSSTVSEKQFVNLDTNGVTLGELEWDIYFDNGHNVVAECDDIFGLGYKTMIVTPPNLQPIDNYN
EYKVKYTSADDEAIYINDHIYMYKRT
>gi|34978624|gb|AAQ83563.1|/4-963
RNRRSSMKKNKQNAAKKEENVVEDSGTVSHSRLMSVMGKEAFDSLMAALAIREVPRNTDPILGSIATSSLQYKDVAGPQP
------ADRDNAVKEGNLPPAELKIPADTT-VVAGRLATMVTDPMTTKNQSEVVDKLRAAMSDGMAKDMPTREVQVDISR
GVDQASIDAQHQVLMAMTR-QTPNIVKELKKDTRKIRKLEIGQTNLEIITSSLGRE---SVILERFPFIEILNSVELTVQ
LAMLASRLIRTYQLDDPVVLDSQGNYVT-QPFEPGTKFTRDGLSYSQIVDALNAKRNYSNEARLMPAEVMAIMRSALIVD
NRDGRSVTSCFDGRIKNSIMQMGVSVWGRNIIKLTDYMELLRAEIPANYRLKEYSGLELHRGYVYYQPRHGSLRVLIELL
RRECSEYFLPLITRELAI-VKSEIVTTGSIQQLISSDNNVSISRSSYANQLLASLDLSSNEKVRTYIIMASMFKNFKLDV
EYGQ---IPNIIDCMAATFYLLFIGEDNITDSSYTSSLLTIASFIKNRPIDALPWNDPAQLRNELRMAAWPFVERNTPVQ
FRVRYSPIMSDGEPGLYNGAFNCNS-DRQHTMRDLSNIISNMSNNRWRVGNSNQLGTLMSTTISSAYTLIMKSVSSYNDV
ISRVRGGLPNALATGLDYSRGGYKVSSIQVVSYFLSLSPLSMTPSLYDSIDTMAWENLKQYEDLANDIDRTLIMARSIMR
VERPEEAPIMSYVNGMSRVIDECW--DDSNKYNFISRTMEALL-AAAQLSGKEGYKHLLYEMIRKQQHDVINEPLAEITD
NVINILRNNLGAFGITYNILIYPSNAAIVRDARFDNVFRRSPFVATMPV----ETYPSITYHELMLSR--DFARQISRGV
IVTGVPFQYTLEFKTGNFNSYLKNEVVSVTKSGPVINKIEFVIGFNDGPQIEAEYADILDRNYGIAIPTPPNLDLIMDYN
RSLVTYDNADRNALYIEDHTLVYTRP
>gi|169218442|gb|ACA50111.1|/2-955
PRKKERTIKNDEKIQTGTVQTQDFKTAIQPDTVTAQLIKTYSNP-------KQRGDKGEIVYDGGSTSKLADVVDQTTEP
------HNADGAVKDGRIAPVKLDLEKQKL-DKLKLFETSPFDPLTVKNNQDVVDKLYATQSSSIQEVVPTKTFATELQF
GVTSEDMGKIYGAVAAVSKNENSSLTYEVKRGTHELIKVPTIPHNLVLIQSDNGRH---ALIKEDLGQWPVETGVSLVNQ
AGVFAVQLAKKLGIDKPFVLDAGSNYFTDTSFIDTRKYCTDGLSPREIQKALNRQRAYYDRPELTISDNRTLLSQSIIYS
DTDGNDVSVVFSGAMSHAIFTYAQSQWNKNIIKLDDYIREITLTLPKHYKPRRFKEIEHTHGYVCRELNQGSLLPLVDAN
LKEASSYYFKKLMSSISN-VPVDSRTLQSSTSALAADTGQAMNRAQHVSMLTNRLTTSNAASVRAITVLTCMFRQFRIGM
TYAQ---DPNIMDVAAATCMLLFRPAQSISDEQYRYCLQTMAVFLTNTTYDIINGNTTDALKMMLRNHGWPFVERYNAIE
IDLSVEPLRSPGLIGKYYNPFNIDPLTKRHVEDRLEDFLNQVQVGRFRNASGNAVGATLAAFLRVCRDKTSANWQGYSVL
VSRYRSLIPNELFESLRNISGEYNINPQDEHSFFFALARVNFDDEFIGAIDKESAEYLDEYATLARDISNSLTLVRAAFS
PLERTSGSIVSHSNNLNKVINHVF-----ADKPLISETMLKIL-TIDGTTGKDGYSNWLNKLVGHN-YPVYVEPVVNIMN
FISARFIADSSYFGYTDEIMIMPNHVNVPVDDRFG--FRDSPFCMALPRTIMGNDIRRISYYEFSMME--DIDEVINQGF
ILYDAYFNFSYDIMTTDGVTKLREDILIVTDTGNDIKPIHFYIYFENKNDKKLRYESKMNVSYRLYVKTPASLLPLSDYM
RAQHDYVSPSSSRVYIKDPAVLYTRL